Ce 5 mars 2025, le syndicat a déposé une intervention volontaire dans un recours initié par un groupement d'organisations contre le protocole signé par le ministre de l’Éducation nationale et le président de l'association "Secrétariat général de l'enseignement catholique" (SGEC).

Ce protocole, relatif au plan d’action favorisant le renforcement des mixités sociale et scolaire dans les établissements d’enseignement privés sous contrat relevant de l’enseignement catholique, engageait le ministère et cette association à mettre en place des mesures de mixité sociale dans ces établissements.
L'association SGEC est la partie émergée d'un iceberg composé d'une quarantaine d'autres associations localement implantées dans les départements sous des noms explicites : direction diocésaine de ..., comité diocésain de ... Toutes ces associations ont un point commun du point de vue du droit républicain : l'opacité. Lorsqu'elles publient des éléments, pourtant obligatoires, au Journal officiel, ils sont datés et peu complets.

En revanche, du côté du droit canon, son rôle est clair : organiser le contournement des dispositions de la loi dite "Debré", c'est-à-dire constituer un enseignement confessionnel grâce au travail des enseignants agents publics du ministère. Alors que les classes sont associées à l'enseignement public par contrat avec l'État, ces associations travaillent à fédèrer les classes et établissements dans un ensemble dont l'objectif prosélyte est assumé.

Cela va à l'encontre de l'esprit de la loi Debré, de son article L442-5 et de son interprétation récente par la Cour des comptes :
"Le contrat, conclu au nom de l’État par le préfet du département, engage une personne morale de droit privé. En droit, l’État ne connaît pas les réseaux, confessionnels ou laïques, qui inspirent le « caractère propre » de l’établissement qui s’en réclame. Le contrat porte non pas sur l’établissement mais sur des classes."

En 1985, deux des trois concessions confessionnelles ont été retirées par le ministre Chevènement. Cependant, l'emprise sur les personnels était déjà bien avancée. En 1992, le ministère a accédé à une demande du SGEC en instaurant un concours fictif pour des pseudo-titulaires : ces enseignants ne sont pas fonctionnaires, mais contractuels liés à une ou plusieurs classes.

Cette emprise s'est encore renforcée avec des scandales comme celui de Bétharram, où le silence des enseignants interroge.

L'association SGEC et ses filiales locales ne sont pas chargées d'une mission de service public. Les décisions administratives (tribunal administratif et commission d'accès aux documents administratifs) sont claires : le SGEC n'a aucune légitimité pour intervenir auprès des acteurs du service public de l'éducation et des élèves.
Ce protocole vise principalement à contourner les instances officielles en charge des ouvertures et fermetures de classes (CAEN et CDEN), déjà peu alimentées en informations par les autorités académiques. Les décisions sont prises localement par un réseau opaque d'associations diocésaines et syndicales choisies.

Enfin, pour financer son influence, le SGEC prélève environ 200 millions d'euros annuels sur les budgets alloués aux établissements sous contrat. Ces fonds pourraient être utilisés pour améliorer les conditions de travail ou embaucher davantage d'infirmiers scolaires. A Betharram ou ailleurs la présence d'infirmiers scolaires, plus globalement de lieux de parole, est donc un luxe ?